В помощь 16-летнему Ивану Господь послал благочестивую подвижницу Февронию, которая стала его духовной матерью. Вскоре Божий Промысел привел его к священнику о.Леониду Смирнову, который первый раз напутствовал юношу Святыми Таинами. Так началась его церковная жизнь.
     В конце декабря 1944 года Иван был призван в ряды Красной Армии, но через несколько месяцев, по болезни, его освободили от несения воинской повинности, и он стал пономарем храма святых апостолов Петра и Павла в г.Бузулуке Оренбургской области. Здесь и произошла встреча, определившая его дальнейшую судьбу. В это время вновь назначенный на Оренбургскую кафедру епископ Мануил (Лемешевский) искал себе келейника и послушника. В храме города Бузулука он обратил внимание на молодого пономаря и взял его к себе. Так в августе 1945 года началась духовная жизнь Ивана под руководством опытного архиерея.
    Келейник нес послушание в покоях владыки и в храме - в качестве иподиакона. Для подготовки к проповеднической деятельности епископ почти ежедневно поручал ему после литургии пересказывать в храме народу жития святых. 9 июня 1946 года послушник Иван после пострига в рясофор с именем Иоанна был рукоположен своим старцем-архиереем во диакона, а 14 января 1948 года - во иерея.
     Убедившись в способностях иеромонаха Иоанна, святитель возлагал на него весьма ответственные поручения. В то время не во всех приходах епархии было спокойно, временами возникали внутренние нестроения. Туда-то и посылал владыка своего юного помощника укрощать человеческие страсти.
     Но совместная жизнь священника Иоанна со святителем-старцем продолжалась недолго. В сентябре 1948 года архиепископа Мануила богоборческие власти сослали в Потьму (Мордовские лагеря). Осиротевший о.Иоанн поступил в Саратовскую духовную семинарию, которую и окончил по первому разряду. В 1951 году он стал студентом Ленинградской духовной академии, закончив ее через четыре года со степенью кандидата богословия. Подающего надежды богослова даже оставили профессорским стипендиатом на кафедре сектоведения.
     В декабре 1955 года произошла радостная встреча с вернувшимся из ссылки архиепископом Мануилом, которого назначили на Чебоксарскую кафедру. Зимой 1956 года о.Иоанн в свободное от стипендиатской работы время помогал своему архипастырю составлять "Чин архиерейского отпевания", а осенью он был определен преподавателем Минской духовной семинарии и пострижен в мантию. Иеромонах Иоанн преподавал гомилетику и практическое руководство для пастырей, одновременно заведуя семинарской библиотекой.
     В сентябре 1957 года, по ходатайству архиепископа Чебоксарского и Чувашского Мануила, о.Иоанна освободили от преподавательской деятельности, и он вернулся к старцу-святителю в Чебоксары, где в течение двух лет помогал ему работать над капитальными трудами: "Каталогом русских православных архиереев периода с 1893 по 1956 годы", "Топографией архиерейских кафедр и викариатств" того же периода и "Фотоальбомом православных архиереев от начала крещения Руси до 1958 года". За участие в их написании иеромонах Иоанн в марте 1959 года был награжден Святейшим Патриархом Алексием крестом с украшениями.
     В сентябре 1959 года о.Иоанн был определен помощником инспектора и преподавателем Саратовской Духовной семинарии, где преподавал гомилетику, сравнительное богословие и Священное Писание Ветхого Завета. Трудился иеромонах в семинарии всего год и в сентябре 1960 года снова был направлен в распоряжение Высокопреосвященного Мануила, в то время бывшего уже архиепископом Куйбышевским и Сызранским. Владыка определил ему быть священником и ключарем Покровского кафедрального собора г.Куйбышева (Самары).
     Совершая священническое служение в соборе, иеромонах Иоанн в то же время помогал своему старцу в его литературных трудах и готовил магистерскую диссертацию. Трудясь долгие годы под омофором архиепископа Мануила, ученик унаследовал от наставника любовь к исследовательской и литературной деятельности, собрав богатый архив по церковной истории.
     В апреле 1961 года иеромонах Иоанн был возведен в сан игумена, а к Пасхе 1964 года - в сан архимандрита. 12 декабря 1965 года состоялась его хиротония во епископа Сызранского. В феврале 1966 года владыка Иоанн защитил в Московской духовной академии диссертацию и был удостоен ученой степени магистра богословия. В 1969 году он утверждается епископом Куйбышевским и Сызранским, а с сентября 1972 года ему поручается временное управление Чебоксарской епархией.
     В сентябре 1976 года епископ Иоанн был возведен в сан архиепископа. В июне 1987 года он посетил Святую Землю. За чтение в 1988 году в Ленинградской духовной академии курса лекций по новейшей церковной истории получил звание доктора церковной истории.
     С августа 1990 года Высокопреосвященнейший Иоанн в сане митрополита возглавил Санкт-Петербургскую епархию. Вскоре началась и его активная религиозно-общественная, публицистическая деятельность, сделавшая имя петербургского архиерея широко известным как в России, так и за рубежом.
     Причины нынешней русской смуты, трагедия уничтожения великой некогда Державы, духовное одичание народа, отданного на откуп лжеучителям и слепым вождям - таковы лишь некоторые темы многочисленных выступлений владыки Иоанна на страницах российской печати. В чем смысл русской истории? Что необходимо сделать, чтобы возродить самосознание русского народа, величие и мощь Святой Руси? Есть ли враги у национальной России? Как осуществляется в нашей многострадальной стране "тайна беззакония"? Ответы на эти и другие вопросы давал митрополит в своих литературных трудах.
     Очень быстро он стал признанным духовным лидером православно-патриотических, национальных сил России. Одно упоминание его имени вызывало у "демократических" разрушителей страны дрожь ненависти. По сути владыка Иоанн стал создателем современной идеологии русского национального возрождения - столь долгожданного для одних и так ненавистного другим. Впрочем, это была лишь одна из областей многогранной деятельности старца.
     Много пришлось потрудиться владыке по восстановлению и ремонту возвращенных епархии храмов. Возобновились богослужения в Казанском и Измайловском соборах, старинных церквах св.Симеона и Анны, Пантелеимона, Благовещения и многих других. Общее число действующих храмов выросло в епархии почти в три раза!
     Проповедуя за каждым богослужением, митрополит Иоанн находил время встречаться с горожанами на вероучительных беседах, выступать в телепрограммах, участвовать в деятельности учебных заведений и культурно-просветительских организаций. По его инициативе возродился журнал "Санкт-Петербургские епархиальные ведомости", выпускается газета "Православный Санкт-Петербург", начало свою деятельность православное издательство "Царское дело"...
     Владыка редко покидал свою епархию. В основном он ездил в Москву на заседания Священного Синода, постоянным членом которого являлся с 1990 года. В декабре 1994 года он вновь посетил Святую Землю, где отслужил литургию в храме Воскресения Христова у Гроба Господня...
     2 ноября (20 октября ст.ст.) 1995 года митрополит Иоанн скоропостижно скончался в результате сердечного приступа. На могиле владыки установлен простой деревянный крест. На металлической табличке - краткие слова: "Иоанн (Снычев), Божией милостию митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский, священноархимандрит Александро-Невской Лавры".